Après des décennies de rumeurs sordides entourant la ville côtière d’Innsmouth — disparitions inexpliquées, contrebande maritime, cultes obscurs et habitants au comportement inquiétant — les autorités fédérales décident finalement d’intervenir. Les personnages, souvent pré-tirés et liés aux sphères militaires, scientifiques ou gouvernementales, sont intégrés à une opération secrète d’envergure en tant que « conseillers », chargés d’accompagner les forces engagées.

Ce qui devait être un simple coup de filet contre une communauté isolée bascule rapidement dans l’inimaginable. En fouillant les ruelles décrépites et les bâtiments abandonnés d’Innsmouth, les investigateurs découvrent des traces d’activités occultes profondément enracinées. Les habitants semblent cacher un secret ancestral, lié aux profondeurs marines et à des alliances impies.

Le scénario entraîne les joueurs au cœur d’une intervention gouvernementale rarement vue dans L’Appel de Cthulhu : combats organisés, incursions coordonnées et moyens militaires exceptionnels, dont un sous-marin de guerre mobilisé pour explorer — ou détruire — ce qui sommeille sous les vagues.